متن پیام حضرت آیت‌الله خامنه‌ای  رهبر انقلاب به شرخ ذیل است:

بسم‌الله الرحمن الرحیم

انّا لله و انّا الیه راجعون

با دریغ و تأسف خبر درگذشت ناگهانی رفیق دیرین، و همسنگر و همگام دوران مبارزات نهضت اسلامی، و همکار نزدیک سالهای متمادی در عهد جمهوری اسلامی جناب حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی را دریافت کردم. فقدان همرزم و همگامی که سابقه‌ی همکاری و آغاز همدلی و همکاری با وی به پنجاه و نه سال تمام می‌رسد، سخت و جانکاه است. چه دشواریها و تنگناها که در این دهها سال بر ما گذشت و چه همفکریها و همدلیها که در برهه‌های زیادی ما را با یکدیگر در راهی مشترک به تلاش و تحمل و خطرپذیری کشانید. هوش وافر و صمیمیت کم‌نظیر او در آن سالها، تکیه‌گاه مطمئنی برای همه‌ی کسانی که با وی همکار بودند به ویژه برای اینجانب به شمار می‌آید. اختلاف نظرها و اجتهادهای متفاوت در برهه‌هائی از این دوران طولانی هرگز نتوانست پیوند رفاقتی را که سرآغاز آن در بین‌الحرمین کربلای معلّی بود به کلی بگسلد و وسوسه‌ی خناسانی که در سال های اخیر با شدت و جدیت در پی بهره برداری از این تفاوت های نظری بودند، نتوانست در محبت شخصی عمیق او نسبت به این حقیر خلل وارد آورد.

او نمونه‌ی کم نظیری از نسل اول مبارزان ضد ستم شاهی و از رنج دیدگان این راه پر خطر و پر افتخار بود.

سال ها زندان و تحمل شکنجه های ساواکم و مقاومت در برابر این همه و آن گاه مسئولیت های خطیر در دفاع مقدس و ریاست مجلس شورای اسلامی و مجلس خبرگان و غیره، برگ های درخشان زندگی پر فراز و نشیب این مبارز قدیمی است.

با فقدان هاشمی اینجانب هیچ شخصیت دیگری را نمی شناسم که تجربه ای مشترک و چنین دراز مدت را با او در نشیب و فرازهای این دوران تاریخ ساز به یاد داشته باشم.

اکنون این مبارز کهنسال در محضر محاسبه‌ی الهی با پرونده‌ای مشحون از تلاش و فعالیت گوناگون قرار دارد، و این سرنوشت همه‌ی ما مسئولان جمهوری اسلامی است.

غفران و رحمت و عفو الهی را برای وی از صمیم قلب تمنا می‌کنم و به همسر گرامی و فرزندان و برادران و دیگر بازماندگان ایشان تسلیت عرض میکنم .
غفرالله لنا و له

سید علی خامنه ای
 ۱۹ دیماه ۱۳۹۵