برخی ازمشکلات پیش آمده در خصوص اعزام زائرین عتبات عالیات عراق توسط کاروانهای غیر مجاز
1-عدم وجودقرار داد امنیتی .
2-عدم وجود بیمه ویا کامل نبودن آن.
3-عدم وجود قرارداد با مرکز پزشکی .
4-تحویل ارز همراه زائرین:دفاتر زیارتی غیر مجاز امکان تهیه ارز همراه برای زائرین را نداشته درحالی که باتوجه به مرتبط بودن سیستم ثبت نام زائرین عتبات با سیستم بانک مرکزی در صورت وارکردن کد ملی زائر در سیستم بانک ملی و وجود مشخصات زائر ،امکان پرداخت ارز همراه به زائرین امکان پذیر است.
5-تعداد ایام سفر 6 روز یا 5 روز : بعضاً مشاهده گردیده که دفاترغیر مجاز با اعلام طول سفر 6 یا 5 روز از زمان حرکت تا بازگشت به ایران را محاسبه کرده و مسیر رفت و برگشت را نیز جزء اقامت زائرین محسوب می نمایند.
6-در اعزام زائرین از طریق دفاتر غیر مجاز معمولاً به بهانه اینکه یک شب بیشتر در کربلا اسکان داشته باشند بصورت عبوری زیارت کاظمین را انجام می دهند و غذا نیز از طریق عتبه حرم سرو می گردد .
7- برخی دفاتر غیر مجاز با اسکان بیشتر در نجف اشرف وبردن زائرین به صورت عبوری به کربلا باعث نارضایتی زائرین را فراهم می آورند .
8-نداشتن ستاد عملیاتی در عراق.
9-عدم اسکان در مهمانسرای مرزی( بجهت رفع خستگی زائرین ،ایجاد برنامه های فرهنگی از قبیل برگزاری مراسم زیارت عاشورا).
10-پرداخت هزینه غذای بین راهی توسط زائر.
11-پرداخت هزینه کاظمین توسط خود زائر .
12-پرداخت ورودیه فرودگاه نجف توسط خود زائر(درپروازهای هوایی)
13-استفاده از گوشت بوفالو به جای گوشت گوسفنددر تهیه و سرو غذا در هتل ها
14-خدمات هتل: به منظور کاهش قیمت،کاروانهای غیر مجاز در هنگام اسکان زائرین در هتل ،خدمات از هتل نمی گیرند و خدمات را خودشان انجام می دهند که باعث کاهش کیفیت خدمات و اعتراض زائرین می گردد.